O sistema de captação de água da SAEC é composto por 59 poços profundos que exploram o Aquífero Bauru e 4 poços profundos que exploram o Aquífero Guarani.
Com uma extração diária superior a 35.000 m³/dia e uma capacidade de reservação aproximada de 28.000 m³, distribuída em 48 reservatórios, a SAEC abastece, por meio de seu sistema interligado, mais de 53.000 ligações de água em toda a cidade.
Perfurado em 1971, com vazão de 170 m³/hora, o poço profundo localizado na Unidade de Captação São Vicente é o mais antigo da cidade a explorar o Aquífero Guarani.
Para suprir a demanda da região central da cidade, a unidade também recebe água proveniente da UC-4 — Eldorado.
Localizada na Avenida Daniel Soubhia, a Unidade de Captação Birigui extrai aproximadamente 270 m³ de água por hora do Aquífero Guarani.
O poço é responsável pelo abastecimento das unidades de reservação UR-2 — Sete de Setembro, UR-3 — Bebedouro e UR-4 — Glória, que atendem também diversos bairros adjacentes.
A Unidade de Captação Boa Vista está localizada no alto da Estrada da Jacuba, próxima à torre de TV, e possui vazão de aproximadamente 35 m³/hora.
A baixa vazão atual está relacionada a problemas técnicos no poço. Para solucionar a questão, a SAEC já elaborou um projeto executivo para a construção de um novo poço na mesma área, com expectativa de vazão de aproximadamente 250 m³/hora.
Perfurada em 2012, a Unidade de Captação Eldorado possui vazão de 260 m³/hora e abastece diretamente cerca de 10.000 moradores.
A unidade possui interligação com outros sistemas de captação e reservação de água, contribuindo para o abastecimento das regiões do Eldorado, UR-7 — Solo Sagrado, UR-9 — Pachá, Centro e UC-3 — Boa Vista, além de outros bairros adjacentes aos complexos mencionados.